Dadas las condiciones Insulares, el área protegida está inmersa en La laguna de La Cocha, con un espejo de agua de aproximadamente 4.000 ha., tiene un volumen estimado de 1.700 millones de metros cúbicos de agua, alimentado por 26 quebradas, lo que conforma una gran reserva hidrográfica para la región.

Esta reserva enriquece también una cuenca hidrográfica de 22.590 hectáreas y que corresponde a la parte alta de la cuenca del río Guamués, afluente del río Putumayo, que, a su vez, descarga sus aguas al río Amazonas.