Al interior del Área Protegida existen nueve cuerpos lagunares y cuatro cascadas, de importancia hídrica para los municipios de Pasto, Tángua, Yacuanquer, Consacá y La Florida; de igual manera se hace referencia a la existencia de un caudal hídrico representado en dos ríos principales y 49 quebradas que nacen y están ubicados en el Santuario y en el área de incidencia.