Flora
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En el Santuario se definen variaciones de la vegetación de acuerdo con los gradientes altitudinales y las diferentes zonas climáticas: seca, semihúmeda y húmeda. Esto da paso a tres grandes tipos generales de formaciones vegetales, las cuales se suceden en un gradiente altitudinal – climático, que se pueden definir como: vegetación alto andina, subpáramo y páramo, y una tipología de enclave restringida a la zona climática seca que se puede denominar “bosque seco de tierra fría” (Plan de Manejo SFFI 2017-2022). Otros autores lo han denominado: vegetación andina tipo matorral subxerofítico de clima frío (Mendoza, 2018).

La vegetación alto andina está representada por los bosques nublados heterogéneos con predominio de amarillos, laureles, robles, gaques, cedro, cedro nogal, encenillo, cucharos, entre otras especies. La vegetación de páramo se encuentra dominada por bosque arbustivo y herbazal con mayor presencia de uvas de monte, rodamontes, senecios, siete cueros, frailejones, pastos de páramo, etc. Por su parte en el enclave seco se encuentra un matorral – pastizal degradado de tierra fría, dominado por arbustos de hayuelos, chites, camisetos, chilcos, amargosos, laurel, arrayán, pastos, etc.

Por la cercanía a los centros poblados hay una presencia de especies exóticas pino, acacia, eucalipto, retamo liso, pastos europeos, pastos africanos, y helechos marraneros. Estas especies vegetales coinciden aparecer en los sitios donde se han presentado incendios forestales de forma recurrente.

Por iniciativa del equipo del SFF Iguaque se hizo una identificación de frailejones, así es que se cuenta con 10 especies: Paramiflos glandulosus (VU-IUCN), Espeletiopsis garciae (EN- IUCN), Espeletiopsis pleiochasia, Espeletia murilloi, Espeletia barclayana, Espeletiopsis guacharaca, Espeletia boyacensis, Espeletia tunjana (EN- IUCN),  Espeletiopsis pleiochasia var socotana y una nueva especie para la ciencia: Espeletia sp. Nov, B.R. en preparación.

Entre las especies más vulnerables debido a la tala indiscriminada en el macizo antes de la creación del Santuario, se encuentran: roble Quercus humboldtii por ser una madera fina; encenillo Weinmannia tomentosa perseguido por su corteza para curtiembres; los amarillos se caracterizan por sus maderas finas Ocotea sp; pinos colombianos como pino romeron Retrophyllum rospigliosii y pino hayuelo Podocarpus oleifolius; y cedros Cedrella montana y cedro nogal Juglans neotropica fueron muy asediados.