El Santuario de Fauna y Flora Iguaque cuenta con los siguientes ecosistemas: 1- vegetación andina tipo matorral subxerofítico de clima frío (Mendoza, 2018), 2- bosque andino y bosque altoandino, 3- subpáramo y páramo (seco a semihúmedo) de acuerdo con la clasificación de Van der Hammen y Rangel-Ch. (1997), estos ecosistema se encuentran entre los 2100 y 3890 metros de elevación.

Es de aclarar que el SFF Iguaque es de las pocas áreas en el Sistema de Parques Nacionales Naturales de Colombia, que tiene una muestra representativa de dos ecosistemas poco estudiados en Colombia: sub páramo y páramo seco (seco a semihúmedo) y el enclave seco de tierra fría o vegetación andina tipo matorral subxerofítico de clima frío. Por ello la importancia de las especies de flora adaptadas a estos ecosistemas y especialmente al ecosistema de transición entre el páramo seco al semihúmedo.