El Parque se ubica estratégicamente en el centro de lo que se denomina la estrella fluvial del Macizo Colombiano, considerada como una de las estrellas hídricas más importante del país. Allí nacen tres de los ríos más importantes de Colombia, el Magdalena, el Cauca y el Caquetá; el río Quilcacé y Guachicono se forman al interior del área protegida y son los principales tributarios del río Patía. Las lagunas El Buey, San Rafael y La Magdalena sobresalen entre las 30 del área.