Los escarpados cañones del Parque, cubiertos por una vegetación muy tupida, son el hogar de una pequeña población de cóndores andinos. Las aves se destacan como el grupo más representativo; por ejemplo, los colibríes, patos, azulejos y rapaces. Del grupo de mamíferos se destacan el oso andino o de anteojos, el venado conejo, el venado soche o colorado, la danta o tapir de páramo, el tigrillo y el puma.