El área protegida tiene una gran importancia hidrográfica para la región, pues allí nacen innumerables fuentes de agua. El deshielo producido por los glaciares origina los cauces iniciales de los ríos que conforman dentro del parque 10 subcuencas y 19 corrientes de diferentes tamaños y características; El Parque comprende nueve cuencas y 19 corrientes de diferentes tamaños y características; cinco de las cuencas drenan en la hoya hidrográfica del Magdalena (Gualí, Lagunilla, Recio, Totare y Coello) y las cuatro restantes (Chinchiná, Campoalegre, Otún y Quindío) a la hoya hidrográfica del río Cauca. Esta red hidrográfica suministra el agua necesaria para el consumo de más de 2 millones de habitantes del Eje Cafetero.