Entre las especies de flora mas representativas de esta área protegida está el frailejón (Espeletia hartwegiana) el cual se encuentra en la mayoría de las zonas de páramo del Parque, acompañado además por varias especies de romeros (Diplostephium), pajonales y varias especies de árnicas del género Senecio. En las zonas de superpáramo se destaca el cacho de venado (Loricaria colombiana) planta endémica de Colombia y fácilmente identificable por su particular forma y belleza. En las zonas de humedales se destacan los colchones de agua conformados por varias especies siendo Plantago rigida la más común. En los bosques alto andinos o bosques nublados  se encuentran las palmas de cera siendo Ceroxylon quindiuense la más representativa y también árbol nacional de Colombia. Otras especies importantes son el siete cueros de páramo (Polylepis serícea) y los velillos del género Hypericum, calabazos, campanos y guayabos.