El PNN Cocuy se traslapa con 6 resguardos indígenas (Resguardos Unido U’wa, Angosturas, Cibariza, Valles del Sol, Sabanas de Curipao y Laguna Tranquila). Los sistemas de producción del grupo étnico u’wa incluyen el pastoreo intensivo asociado con agricultura de subsistencia (partes altas), la ganadería con roza y quema asociada con huertas de subsistencia (partes altas y bajas) y sistemas de producción tradicional de horticultura. Los u’wa (o tunebos) son el único pueblo muisca que aún existe y han venido luchando desde tiempo atrás por conservar su territorio y su cultura a través de procesos de resistencia cultural. Por su importancia y su conocimiento sobre las funciones ecológicas de los Andes, se garantiza su pervivencia y la protección de su territorio ancestral.

Otros pobladores y usuarios del Parque son campesinos altoandinos, en el sector occidental, poseedores en su mayoría de minifundios y latifundios que ejercen especial presión en los páramos y subpáramos, y campesinos de piedemonte, en el sector oriental, cuyos patrones de uso están más relacionados con la agricultura, la ganadería y la explotación forestal.