Es notable la presencia de una gran cantidad de especies desaparecidas y casi extintas en otros ambientes naturales como: el cedro (Cedrela montana), nogal (Juglans neotropica), comino (Aniba perutilis), laurel (Ocotea cuneata), encenillo (Weinmannia sp.), roble blanco (Quercus humboldtii) y roble negro (Colombobalanus excelsa), este último reportado en el Parque por primera vez en 1979, en el sitio conocido como El Robledal, sobre el sendero Roble Negro. Además, en el Parque aún existen algunos ejemplares de quina, conocida como ‘la corteza milagrosa’, fue considerada tan valiosa como el oro, lo que llevó a su sobrexplotación y su actual estado en peligro de extinción.