Geología e Hidrografía:

Las principales unidades geológicas del Parque corresponden a la Formación Pebas, la Formación Amazonas y los depósitos fluviales del Cuaternario. La Formación Pebas ocupa la mayor extensión del Parque y presenta un patrón de drenaje denso y moderado socavamiento de los cauces, hasta de 15 m de profundidad. La Formación Amazonas posee un socavamiento muy fuerte de los cauces, hasta 40 m y presenta gran cantidad de óxidos de hierro. El paisaje dominante corresponde a planicies sedimentarias conformadas por superficies colinadas; los materiales son de tipo arcilloso, arcillo-arenosos y areno-arcilloso. También existen paisajes con planicies inundables de ríos y quebradas de relieves plano-cóncavos y sedimentos finos de limos, arcillas y arenas. Hacia las partes sur y norte del Parque, el terreno en general es ligeramente ondulado y uniforme, mientras que hacia la parte media se presentan superficies muy disectadas.

En el Parque se diferencian básicamente tres tipos de cursos de agua: a) de aguas blancas de la Amazonía alta que drenan los Andes, son alcalinos, turbios, transportan sedimentos pesados y los planos que inundan tienen suelos arcillosos relativamente fértiles; corresponden al rio Amazonas y a la quebrada Matamata. b) de agua negra, que drenan entre los Andes y el escudo guyanés, relativamente transparentes, de color té oscuro debido a los ácidos húmicos y se derivan de los planos pobres en nutrientes, usualmente arenosos; están representados principalmente por el río Cotuhé y las quebradas Lorena y Pamaté. c) de aguas mezcladas o mixtas que resultan del aporte de agua negra a cursos de agua blanca (Rudas & Prieto, 2005).

Las cuencas del río Putumayo y la del río Amazonas son surtidas por las aguas de múltiples afluentes que pasan por los límites y el interior del parque. Entre los ríos del área protegida se destacan el Purité, el Cotuhé y el Amacayacu; y entre las quebradas cabe mencionar la Matamata, la Pamaté y la Cabimas. Las crecientes del río Amazonas, llegan al tope en el mes de mayo, inundando gran parte de la región conocida como várzea, plano inundable o zona aluvial. A medida que llega el verano (junio a noviembre) estas aguas bajan de nivel revelando bosques y playas en los bordes de los ríos y quebradas. Esta dinámica o pulso de inundación condicionan las manifestaciones de vida de la flora y de la fauna.