La cuenca amazónica corresponde a una vasta depresión entre el Escudo Guyanés y el Escudo Brasilero; la consolidación, metamorfosis y plegamiento de los escudos produjo unas zonas que se creen mantuvieron aisladas algunas partes de la cuenca durante las trasgresiones marinas brindándole a la zona del Parque una significancia biogeográfica. En Amacayacu hay ecosistemas de bosque húmedo tropical, bosques inundables, bosques de tierra firme, pantanos, ciénagas, madre viejas y sistemas fluviales representativos de la selva amazónica.

Clima:

El clima del área es típico de selva ecuatorial, siempre húmeda y con frecuentes brumas. Conforme a los registros de la estación climática del aeropuerto Vásquez Cobo de Leticia, en las cercanías del Parque, la temperatura media en el área es de 26.4ºC y la humedad relativa es muy alta con un promedio anual por encima del 90%. El régimen de lluvias es unimodal, con una precipitación media multianual de 2836 mm. Los registros de lluvias más bajos se dan en los meses de julio y agosto con un aumento en octubre; descienden ligeramente en diciembre y se incrementan considerablemente hasta abril. Durante el periodo seco se registran precipitaciones que pueden superar los 150 mm diarios. Los días de lluvia varían, registrando un promedio de 17 días para el mes de julio (temporada seca) y de 22 para el mes de abril (mes más lluvioso) (IDEAM, 1992 – 2007).