Los grupos humanos presentes en el área del Parque y su zona de influencia en su mayoría pertenecen a la Etnia Tikuna, que es la cultura más representativa del Trapecio Amazónico. También hacen presencia, aunque en menor número, indígenas Yaguas y Cocamas y, en la actualidad, familias mestizas. La familia Tikuna tradicional es nuclear, patrilineal y monógama. La lengua Tikuna pertenece a la familia lingüística independiente Tikuna y es hablada, o al menos comprendida, por un gran número de miembros de las comunidades.

Antes del contacto con los europeos los Tikuna vivían en tierra firme al norte del Amazonas, separados de sus orillas por la tribu enemiga los Omaguas, al parecer más poderosa que la suya. De acuerdo con Goulard (1994 citado en Riaño 2003), los antepasados de la población Tikuna pudieron constituir una población ribereña que debido a fuertes presiones guerreras se vio obligada a refugiarse en la zona interfluvial. El control de las riberas por parte de los Omaguas disminuye con la llegada de los conquistadores españoles, portugueses y sus enfermedades. Se cree que por esta razón les fue posible a los Tikunas recuperar su antiguo territorio cerca a la orilla del río Amazonas (Riaño 2003).

Desde la conquista hasta hoy, las tradiciones indígenas incluyendo las Tikunas, en toda la zona de las tres fronteras han sido fuertemente afectadas por la destructiva intensidad de las llamadas bonanzas o actividades extractivas que se vieron facilitadas por la cercanía al río Amazonas. En su orden cronológico las fiebres del oro, caucho, pieles, madera, narcotráfico y minería trajeron enfermedades, violencia y esclavitud, entre otras muchas situaciones, perjudicando la riqueza natural y cultural del área.

Hoy, las comunidades indígenas buscan un equilibrio entre la vida tradicional y las demandas de vivir en un estado social de derecho y un sistema capitalista globalizado. Por esta razón las principales actividades de subsistencia para los Tikunas son la pesca, la agricultura, la cacería, el ecoturismo, la elaboración de artesanías, la investigación y el monitoreo de sus recursos. Como respuesta a la búsqueda de este equilibrio en las últimas décadas el ecoturismo comunitario, con la asesoría del Parque Amacayacu, se ha perfilado como una estrategia hacia la sostenibilidad, que busca poner fin a las bonanzas extractivas de los recursos naturales.

En la actualidad los resguardos indígenas están representados política y socialmente por el Curaca o jefe de la comunidad, quien es el vocero e interlocutor dentro de la comunidad y ante las autoridades regionales y nacionales. Es elegido democráticamente cada año mediante una asamblea comunitaria, que considera cualidades de liderazgo y administración. El Curaca se apoya en el cabildo, que a su vez se conforma por seis (6) miembros electos de la comunidad que son el Curaca, el Vice-curaca, Secretario, Tesorero y dos vocales, como formas de autoridad reconocidas por la Constitución Política.