El PNN Sierra de La Macarena al igual que las área protegidas Cordillera de Los Picachos, Tinigua y Sumpaz, que hacen parte del Área de Manejo Especial La Macarena contribuye de manera significativa a la prestación de servicios ecosistémicos de provisión como es el suministro de agua, y de regulación, como la moderación en movimientos en masa, o en eventos extremos por precipitaciones o inundación, en la regulación del agua, y el almacenamiento de carbono en biomasa, todos ellos fundamentales para la perpetuación de otros servicios, como el mantenimiento de los ciclos de vida y de la diversidad genética.

Así mismo es de gran importancia los servicios ecosistémicos culturales  como recreación  y  ecoturismo;  espirituales,  investigación  y  educativos,  religiosos e  histórico culturales; todos éstos reflejados en la presencia de escenarios y sitios con belleza paisajística (Caño Cristales, Cascadas Santo Domingo, Raudal I y II, caño canoas, cascada sardinata, etc), muestras del patrimonio material (pictogramas) plasmado por grupos que en algún momento habitaron la sierra,  área catalogada como un lugar excepcional para el desarrollo y la evolución de la vegetación y la fauna de origen guyanense, amazónico, andino y orinocense.

Se destaca la importancia de ecosistemas como los bosques inundables, considerados como conectores asociados con planos de inundación de los ríos y caños, y corredores importantes tanto para el flujo de materia y energía como para la regulación del clima, en cuanto ayudan a moderar eventos extremos hidrometeorológicos por inundación, así como también a la mitigación del cambio climático por su potencial de almacenamiento de carbono en biomasa aérea ya que, según muestran los resultados de IDEAM (2013).