La  avifauna  de  la  Reserva  de  La  Macarena  registrada  hasta  1978  contiene  456  especies representadas en 65 familias, aproximadamente un 27% de toda la avifauna colombiana la cual es dominada  por  especies  de  las  Guyanas,  Amazonas  y  con  menor  representatividad  de  la  región Andina. La mayoría de estas especies han sido reportadas en el área que actualmente abarca el Parque Nacional.

Como  especies  de  aves  características  coleccionadas  en  el  Parque  se  pueden  mencionar  de  la Amazonía: Paroaria gularis gularis, Piaya melanogaster, Electron platyrhynchum pyrrholaemum; de los  Andes:  Asio  flammeus,  Trogon  personatus  personatus,  Campephilus  pollens,  Cistothorus platensis tamae; migratorias de Norteamérica: Anas discors, Pandion haliaetus carolinensis, Actitis macularia, Coccyzus americanus americanus.

En herpetofauna se tiene los siguientes datos: Paleosuchus trigonatus, Paleosuchus palpebrosus, Crocodilus  intermedius,  Caimán  crocodilus  fuscus.  Entre  las  tortugas  podemos  mencionar: Podocnemis unifilis y Geochelone denticulata.

Como  especies  de  mamíferos  característicos  se  pueden  mencionar  Cebus  apella,  Alouatta seniculus, Hydrochaeris hydrochaeris, Agouti paca, Tayassu tajucu, Pteronura brasiliensis, Panthera onca, Felis concolor, Felis pardalis, Felis yagouaroundi y Felis spp.

En ictiofauna se tiene los estudios sistemáticos que nos dicen que las familias más abundantes en los ríos del PNN La Macarena son los Pimelódidos, Carácidos y Cíclidos (Cormacarena, 2001).

Fauna  endémica: Zocay  Callicebus  cupreus ornatus,  peces  pequeños  de  géneros  Leyvaichthys y Medemichthys,  yamu  o  sabalote  Brycon  Whitei,  trepatroncos  gigante  Xiphocolaptes promeropirhynchus  macarenae,  copetón  Zonotrichia  capensis  roraimae,  montero  ojiblanco Chlorospingus ophthalmicus macarenae, tororoi Grallaria kaestneri, chango Macroagelaius subalaris, atrapamoscas  pechirrufo  Leptopogon  rufipectus,  verderón  cejiamarillo  Vireolanius  eximius (Cormacarena, 2001).