Para  el  PNN  Sierra  de  La  Macarena,  se  encuentran  cuatro  biomas generales: Zonobioma húmedo tropical Amazonía-Orinoquía, Helobioma de la Amazonía-Orinoquía, Orobioma de La Macarena, Peinobioma de la Amazonía-Orinoquía. De manera homologa, el Zonobioma húmedo tropical Amazonía-Orinoquía, que  correspondería en el ejercicio de actualización de este Plan de Manejo del Parque,  como  “Selva  húmeda”  (incluyendo  lo asociado  a  la  Sierra  pero  que  en  sentido  estricto,  esto último  correspondería  al  orobioma  de  La Macarena), el Helobioma de la Amazonía-Orinoquía al denominado como “Bosque Inundable” y en cuanto al Peinobioma de la Amazonía-Orinoquía no se tendría equivalencia con los biomas definidos en el ejercicio para el Parque.

La  selva  húmeda  (zonobioma  húmedo  tropical)  ocupa  el  83%  del  área  protegida  extendiéndose sobre  502.986  hectáreas,  incluyendo  lo  asociado  a  la  Sierra,  mientras  que  el  bosque  inundable (helobioma) lo hace sobre 78.215 (13%) principalmente asociado al rio Guayabero. Por su parte la sabana  arbustiva  y  vegetación  rupícola  escasamente  representadas  en  el  área  protegida,  se extienden sobre 24.433 has hacia el sur de la Sierra y corresponde tan solo al 4% del área.

Es importante resaltar que dados los procesos de ocupación de los que ha sido objeto el parque, y según  la  clasificación  de  coberturas  del  suelo  Corine  Land  Cover  (2012),  se  encuentra  una intervención  total  en  estos  cuatro  biomas  de  66.960  hectáreas,  siendo  el  más  afectado  en proporción,  el  Zonobioma  Húmedo  Tropical  (68%)  dado  principalmente  por  el  desarrollo  de  la actividad  ganadera  y  agrícola  en  polígonos  mayores  de  50  has.  En  segundo  lugar  el  bioma  con mayor  intervención  es  el  de  Helobioma  de  la  Amazonia–Orinoquia  (27%).