Los bosques presentes en el Parque son de dos tipos; ripiarios o de galería, que  siguen los cursos de los ríos y caños, algunos de los cuales son inundables o de rebalse; mientras que otros no se inundan. En la mayoría de las cabeceras de los caños se presentan dos comunidades arbóreas muy típicas: el morichal y el saladillal. Existen otros tipos de vegetación, como el de las sabanas de pastos y el árbol típico de las sabanas que es el Chaparro, las zonas con propensión a incendios, los médanos y los pantanos arbolados, a la fecha se han registrado más de 20 especies de orquídeas.