En este bello Parque se encuentran algunos de los endemismos de la flora colombiana, dentro de los cuales se pude mencionar el frailejón Espeletia uribei, cuyos individuos crecen en la franja de vegetación entre el páramo y el bosque altoandino. Se estima que la flora total del Parque sobrepasa las 1400 especies. Es frecuente observar especies de musgo de pantano, los cuales absorben hasta 40 veces su peso en agua. En los bosques altoandinos predominan encenillos (Weinmannia spp.), el gaque (Clusia multiflora) y el tibar (Escallonia myrtilloides), y en las zonas de páramo los frailejones (Espeletia grandiflora y E. killipii), los pajonales (en donde son representativas especies del género Calamagrostis), las árnicas (Senecio spp) y comunidades de turberas en las zonas pantanosas.