En el área se encuentran complejos de humedales altoandinos, las cuales son relevantes por su acervo biológico, belleza escénica y cultural (Muisca y Chibcha), el Parque Nacional Natural Chingaza cuenta con los siguientes reconocimientos a nivel internacional:

1. Reconocimiento como Área de Importancia para la Conservación de las Aves – AICA, dentro del Programa de Bird Life International, otorgado en 2008 por ser sitio crítico para las aves, irremplazable y potencialmente vulnerable.
2. Zona Ramsar-designación del Sistema Lacustre de Chingaza, en una extensión de 4058 Ha, para ser incluido en la Lista de Humedales de Importancia Internacional, reconociendo su importancia espacialmente como hábitat de aves acuáticas, mediante Decreto No. 233 de 2008 expedido por el MAVDT.
3. Cumplimiento del Estándar de desempeño global “Lista Verde en Áreas Protegidas y Conservadas”, otorgada por la UICN el 18 de septiembre del 2020, que certifica cumplimiento de criterios, objetivos transparentes y consistentes relacionados con gobernanza, diseño y planificación del área protegida, efectividad de manejo y resultados de conservación.

En el sector occidental del Parque, los páramos son los ecosistemas más frecuentes de observar, seguidos de bosques andinos y altoandinos. Hacia el costado oriental se desciende a ecosistemas de piedemonte llanero con paisajes prístinos y majestuosas quebradas de grandes caudales propios del Orinoco.