Con base en inventarios preliminares, acopiados y muestreos realizados para la declaración del área, se evidencia en Yaigojé-Apaporis una gran riqueza biológica, ejemplo de ello es la presencia de 1.683 especies de plantas vasculares para el área protegida.

La región del bajo Apaporis incluye un complejo mosaico de tipos de bosques, en concordancia con la naturaleza transicional de su geografía. El tipo de bosque más extenso se encuentra en las colinas onduladas y bajas de suelos arcillosos rojos y amarillos. La altura promedio del dosel es de 25m con árboles emergentes que alcanzan los 45m.

Es una zona rica en especies vegetales, en un área de 1Ha, dividida en 10 parcelas, se encontraron 340 árboles, con DAP (diámetro a la altura del pecho) mayor de 15 cm, incluyendo entre 130 -150 especies diferentes, pertenecientes a 34 familias.

Las antiguas terrazas aluviales dejadas por los regímenes de inundación del Pleistoceno en el Río Apaporis, sustentan un tipo diferente de vegetación donde las palmas de seje o milpesos (Oenocarpus bataua) y yetchas (Micranda spruceana) son comunes. La altura promedio del dosel de este hábitat es mayor (30 m), pero menos diverso que los bosques de las colinas.

Una muestra equivalente a la anteriormente descrita incluye alrededor de 90 especies (en su mayoría diferentes de las especies presentes en colinas) clasificadas en 32 familias, con una composición diferente. Mientras que en colinas la familia con mayor riqueza es Moraceae, en las terrazas la flora está dominada por plantas pertenecientes a la familia Myristicaceae.

Los bosques asociados a las orillas del lago y del río (Igapó o rebalse) son inundados estacionalmente por más de ocho meses al año (marzo – octubre según Díaz Macuna 2008). La altura promedio del dosel es de 23m y la diversidad de especies es menor que en bosques de tierra firme (colinas y terraza). Una muestra igual a las anteriores contiene alrededor de 60 especies, ninguna presente en tierra firme y clasificada en 25 familias. Se infiere que dentro del hábitat la diversidad esta inversamente correlacionada con el tiempo de inundación, es decir que: las áreas bajas que son inundadas por periodos más largos soportan menos especies. En el rebalse, las familias más dominantes son Caesalpinaceae y Euphorbiaceae.

“En términos generales la riqueza florística hasta la fecha conocida para el área sur del resguardo Yaigojé Apaporis (área de la Estación Biológica Caparú) es de 1.017 especies de angiospermas, agrupadas en 88 familias y 407 géneros, de las cuales 158 corresponden a monocotiledóneas y 859 a las que anteriormente se agrupaban dentro de las dicotiledóneas (angiospermas basales y eudicotiledóneas).

En recientes colecciones (Clavijo, en preparación) se encontraron seis especies nuevas para la ciencia, pertenecientes a las familias Costaceae (Costus fissicalyx), Gesneriaceae (Besleria sp. nov.), Melastomataceae (Miconia sp), Myristicaceae (Iryanthera sp.), Piperaceae (Piper sp.) y Sapotaceae (Pouteria sp.). Es importante resaltar que la riqueza de especies y de géneros está concentrada en sólo 10 -12 de las 88 familias totales y que las leguminosas representan cerca del 10% de la riqueza total de especies y géneros” (Tomado de: Diaz Macuna et al, 2008).