Según el estudio realizado en el 2009 por la Fundación Puerto Rastrojo la representatividad de los ecosistemas en el área es de la siguiente manera:

18 ecosistemas presentes (según IGAC,1999) 37.8 % de los ecosistemas (7 de los 18) no están representados en las actuales Áreas Protegidas del Sistema de Parques Nacionales Naturales), son:

(1)Bosque medio en terrazas planas medias a altas con drenaje imperfecto, (2) Bosque medio en superficies de asociación entre terrazas altas y laderas bajas, (3) Bosque bajo con Caatinga baja en depósitos de arenas blancas, (4) Bosque alto en interfluvios y laderas alomadas, (5) Bosque alto en laderas medias de la cuenca alta de río Mirití-Paraná, (6) Bosque alto en vertientes estructurales alomadas, (7) Bosque medio en plataformas estructurales circundantes a relieves colinados.

3 ecosistemas muy poco representados (menos del 10%) Complementándose al 20%.

Bosque medio en la llanura aluvial de los ríos amazonenses de aguas oscuras (B52)

Bosque bajo en el plano aluvial de los ríos amazonenses con inundaciones esporádicas (B66) Al 12%.

Bosque medio en terrazas altas poco disertadas (B72).

Dichas contribuciones involucran el 84,9 % de su extensión total. Tan solo la sexta parte de Yaigojé-Apaporis incluye sectores de ecosistemas ya representados en el conjunto de AP actuales.