El Parque Nacional Natural Sumapaz es regulador hídrico de 3 regiones hidrográficas:

Región hidrográfica del Río Magdalena. Sus principales cuencas son: el Río Sumapaz, el Río Bogotá y el Río Cabrera.

Región hidrográfica del Río Meta. Su principal cuenca es el Río Blanco  o Guayuriba.

Región hidrográfica de Río Guaviare. Sus principales cuencas son: el Río Ariari y el Río Guayabero con sus afluentes.

Las numerosas lagunas que encierra el área del Parque se clasifican según los ríos que las nutren, así:

Río Blanco: Lagunas Negra, Larga, Casa Blanca, la Balsa, las Cáquezas, el Gallo, el Brisol, el Cobre, la Mochila y la Conejera.

Río Nevado (afluente del Río Ariari): Lagunas Sitiales, del Medio, la Primavera, el Nevado, el Sorbedero, la Guitarra, la Maleza, el Rosario y el Guape.

Río Duda (afluente del Río Guayabero): Lagunas Patio Bonito, el Baile, el Infierno y Colorada.

Río Ariari: Lagunas el Cajón, el Diamante, la Esmeralda, de Alsacio, Santa Teresa y la Pena.

Río Sumapaz: Lagunas Larga, Negra, Currucuyes, Andabobos, la Hermosura y Guadalupe.

Río Tunjuelo (afluente del Río Bogotá): Lagunas las Lajas, los Tunjos o Chisacá y la Virginia.

Río Cabrera: Lagunas la Panela y la Triple Yegua.