El Parque Nacional Natural la Paya tiene una excepcional riqueza vegetal propia de la amazonia colombiana, presente en los diferentes tipos de bosques que componen sus ecosistemas. En el área protegida se tiene presencia de bosques altos y bien desarrollados, así como combinaciones de bosque bajo con sotobosque denso y bosque alto con poca presencia de palmas. Las especies vegetales que se consideran más importantes por su grado de amenaza o vulnerabilidad, además de su importancia como oferta de madera, alimento, medicina o materia prima para artesanías usadas por los pueblos indígenas que habitan el área protegida son: el palmito (Euterpe oleracea), el asaí (Euterpe precatoria), canagucha (Mauritia flexuosa), chambira (Astrocaryum chambira), milpesos (Oenocarpus bataua), la uva caimarona (Maclenia rupestris), la macoubea (Macouvea guianensis), el icaco (Chrysobalanus icaco), la platonia (Platonia insignes), el noli (Elaeis oleifera) y el arazá (Eugenia stipitata), el cedro (Cedrela sp.) y el granadillo (Platymiscium sculatum), ceiba (Ceiba pentandra), Hachapo (Pithecellobium cateniformis), Tara (Simaoruba glauca).