La cobertura vegetal original de la zona corresponde a Bosque Húmedo Tropical. Actualmente en el Parque se identifican varios tipos de estos bosques: primarios intervenidos, secundarios tempranos, tales como los potreros abandonados en los cuales ha comenzado la recuperación del ecosistema, y los bosques de varzea que se inundan periódicamente en el año.

Los ecosistemas primarios tienen un alto potencial en cuanto a su riqueza de especies y heterogeneidad, Su masa natural es multiestratificada, se pueden encontrar claros generados por caída de árboles, por muerte natural y por rayos.

Los Ecosistemas primarios se caracterizan por su alta diversidad de especies.

Los bosques secundarios se han generado a partir de intervenciones del hombre (tala rasa, tumba y quema) sobre el bosque natural y se caracterizan por ser ecosistemas muy simples, homogéneos, con uno o dos estratos solamente.

El bosque de varzea es un ecosistema especial el cual, debido al régimen de inundación que lo caracteriza, ha generado un sistema de “selección natural de especies”, lo cual se manifiesta en la simplicidad de su estructura y la baja diversidad de especies de plantas.