Hidrografía
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La red hídrica del área protegida está conformada por importantes fuentes, entre ellas, las quebradas Cachalú, California, la Venada, Chamízales, Peña Blancas y Chochal, que drenan sus aguas al río La Rusia, el cual se une a la quebrada los Cercados (también proveniente del Santuario) para formar el río Negro, que junto con el río Guacha dan origen al río Pienta, aguas abajo junto con el río Táquiza en inmediaciones del municipio de Charalá, forman el río Fonce, afluente del Suárez, que al unirse aguas abajo con el río Chicamocha forman el río Sogamoso, tributario del Magdalena.

Al occidente del Santuario de Guanentá, nacen los ríos Guillermo, Cañaverales y Virolín, los cuales, al unirse forman el río Oibita, otro gran tributario del la cuenca del rio Suárez.

En la cuenca alta del río Fonce, dentro del área protegida, específicamente en las zonas de páramo, se encuentran las lagunas de Aguas Claras, Cachalú y los Cuadros.