Hidrografía
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El sistema hídrico es el eje dinamizador de los ecosistemas presentes en el área protegida. Éste funciona a la inversa de una cuenca hidrográfica convencional, ya que se encuentra ubicado sobre u sistema deltáico en el cual los afluentes no llegan a uno mayor si no que se derivan del mismo, originando una serie de caños que conforman una red de drenajes que ayudan a distribuir el agua en la zona deltáica, la cual finalmente desemboca al mar.

Este sistema moldea dos paisajes geomorfológicos, uno denominado planicies fluviales o aluviales que han sido formadas por el depósito de sedimentos en los diques y cubetas de inundación a lo largo de los caños Correa, Rico, Burro y Portobelo; y las planicies fluviomarinas, las cuales se originan gracias al intercambio de aguas salobres y dulces cargadas de sedimentos en las que se localizan los bosques de manglar.

Además, el sistema hídrico está complementado por 312 hectáreas de lagunas costeras, ciénagas mangláricas y fluviales distribuidas a lo largo y ancho del Santuario y 28 hectáreas de caños mangláricos y de agua dulce que conforman el sistema hídrico de la zona deltáica.