Fauna
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El Santuario se caracteriza por sus condiciones óptimas de conservación lo cual garantiza la estabilidad de su riqueza en la diversidad de especies faunísticas y florísticas:

Dentro de los mamíferos se hallan: el ponche (Hydrochaerishydrochaeris), la zorra manglera (Procyon lotor), la zorra patona (Procyon cancrivorus proteus), el mono colorado o aullador (Alouatta seniculus seniculus), el mico cariblanco o maicero (Cebus albifrons), el ratón silvestre (Oryzomys concolor concolor), el manatí (Trichechus manatus), la nutria (Lutra longicaudis), el tigre (Leo onca centralis),así como variedad de especies de murciélagos (pescadores, nectarívoros, frugívoros e insectívoros).

Sobresalen, así mismo, reptiles como la babilla (Caimán crocodilus fuscus),el caimán aguja (Crocodylus acutus) iguanas (Iguana iguana), boa (Boa constrictor constrictor),cascabel (Crotalus durissus),mapaná rabo seco (Bothrops atrox) y tortuga icotea (Chrysemys scripta).

El grupo de las aves se halla bien representado en el Santuario. Entre ellas cabe mencionar: el pato cuervo o longuillo (Phalacrocorax olivaceus olivaceus) el pato aguja (Anhinga anhinga),, la chavarria (Chauna chavaria), el gallito de ciénaga (Jacana jacana), el gavilán indio viejo (Busarllus nigricollis nigricollis), el gavilán caracolero (Rostrhamus sociabilis), la garza morena (Ardeacocoa), la garza real (Egretta alba), la garza tina (Egretta thula), el alcaldito (Himantopus mexicanus), el carrao (Aramus guarauna),el cabeza de cera ó coyongo o coscongo (Mycteria americana), el garzón soldado (Jabiru mycteria) y el pato cucharo (Platalea ajaja); pisingo (Dendroyigna autumnalis); pisisia (Dendrócygna bicolor).

El Santuario tiene gran importancia como refugio para aves migratorias procedentes de Norteamérica, especialmente pato barraquete (Anas discors) que permanece en grandes grupos de Noviembre a Abril. Además, existen varias especies de aves residentes entre las que tenemos: viudita (Fluvicola pica), pato real (Cairina moschata) y pato malibú (Dendrocygna viduata).

Últimamente se resalta el regreso y avistamiento del Flamenco Rosado o caribeño (Phoenicoptherus ruber) el cual no se reportaba registros hacia más una década en el área del Santuario y el CLCGSM.

Dentro de la fauna íctica del área se encuentran al menos 53 especies de las cuales 29 son dulceacuícolas y 24 estuarinas, pero en las ciénagas y caños del sector norte del Santuario, cuando avanza la cuña salina, las especies dulceacuícolas se repliegan hacia el sur. Muchas veces pueden presentarse mortandades masivas cuando la salinidad se torna muy alta, esto ocurre por lo general en los meses de febrero a marzo con la aparición de algas cianophitas. Entre las especies dulceacuícolas primarias destacan el bagre tigre (Pseudoplatystoma magdaleniatum), la agujeta (Ctenolucius hujetainsculptus), el bocachico (Prochilodus magdalenae), y el nicuro (Pimelodus clarias), y moncholo (Hoplias malabaricus) entre otros. Como especie invasora resalta en el complejo lagunar la presencia abundante de la mojara lora (Oreochromis cf. niloticus).

En las ciénagas de agua salobre las especies más representativas son, la lisa (Mugil incilis), el sábalo (Tarpon atlanticus) el róbalo (Centropomus undecimalis) la mojara rayada (Eugerres plumieri), el chivo cabezón (Ariopsis bonillai) mapalé (Cathorops spixi).