Hidrografía
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El área protegida hace parte de la estrella fluvial del Cerro del Patascoy, con una gran riqueza hídrica, que aporta sus aguas a la cuenca del río amazonas. Los ríos más importantes del Santuario son: Río Guamués, Río Orito, Río Patascoy, Río Quebradón.  Al interior del área protegida existen 13 microcuencas.