Flora
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Se resalta la presencia del yagé (Banisteriopsis caapi), yoco (Pullinia yoco) asociadas a la medicina tradicional Cofán. Existen también varias especies reportadas en el libro rojo de plantas de Colombia, se resalta la presencia de dos géneros de la familia (Lecythidacea: Eschweilera) y Grias.. En el santuario se halló una nueva posible especie para la ciencia (Passiflora sp). nov. y un primer registro para Colombia de la especie (Psamisia salerantha A. C).

En el Santuario se pueden encontrar innumerables especies de heliconias (Heliconia sp).

Además se ha tomado registro de especies como la wasipanga (Geonoma sp), palma de chontaduro (Bractis sp), árbol de Copal (Bursera sp), amisa (Guadua sp), cedro (Cedrela sp), achapo (Cedrelinga catenaeformis), guamo (Inga sp), y chocho (Erythrina sp).

Por encima de los 2500 msnm se pueden encontrar árboles como aguacatillo (Ocotea sp), encino (Querqus sp), y comino (Aniba sp).