En Yaigojé – Apaporis conviven diferentes etnias indígenas entre las que resaltan los pueblos Macuna, Tanimuka, Letuama, Cabiyari, Barazano, Yujup Maku y Yauna; todos asociados a la conservación, uso y manejo del territorio y al área protegida como núcleo del “Complejo Cultural del Vaupés”.

Este territorio cuenta con una rica tradición cultural que contempla una serie de prácticas chamanísticas y rituales, que según los indígenas le otorgan a los seres humanos los conocimientos necesarios para vivir y proteger este mundo. Los cerros, raudales, remansos, lagos, quebradas, ríos, cuevas, salados, piedras, cananguchales, sabanas y nacimientos de agua, son considerados por los indígenas del Resguardo Yaigojé Apaporis como “Sitios Sagrados”, que son marcas indelebles de la labor de las deidades durante la creación del mundo, dándole a cada parte del territorio un significado.

Según los habitantes del resguardo Yaigojè Apaporis, estos puntos especiales del territorio son usados como referentes para el manejo y curación del mundo, a través de prácticas chamanísticas y rituales que conforman el “Camino de Pensamiento”. Este proceso chamanístico se realiza por medio de una serie de ceremonias rituales, que están estrechamente relacionadas con el ciclo anual o calendario ecológico cultural y que congregan a los especialistas y demás miembros del grupo étnico.

Bajo este contexto cultural, los indígenas del Apaporis han realizado y regulado el uso y manejo de sus territorios desde tiempo inmemorables y, a pesar de las importantes transfiguraciones culturales que estas sociedades han sufrido a lo largo de los últimos 200 años, aún mantienen un sólido conocimiento ancestral que les permiten continuar con el manejo de lo que ellos consideran su territorio.

Este conocimiento es vivido e implementado por los indígenas del Bajo Apaporis a través de sofisticadas prácticas de uso y manejo físico (caza, pesca, recolección, horticultura), y chamanísticas o espirituales que constituyen una gran oportunidad para la protección y manejo del Área Protegida que aquí se constituye.

Dentro del Parque – Resguardo, viven un total de 1.616 habitantes (Rincón, 2009), distribuidos en 20 comunidades que, subiendo por el río Apaporis son: Bocas de Taraira (54), Puerto Ñumi (61), Bocas de Ugá (43), Vistahermosa (110); Caño Laurel (30), Puerto Curupira (129); Puerto Cedro (101); Centro Providencia (164); Campo Alegre (69), Santa Clara (49), Agua Blanca (39), Bellavista (64), Jotabeyá (61), Puerto Cordillera (23), Bocas del Pirá (155); Paromena (110); Awaurita (80), Puerto Sabana (32), La Playa (148); y Unión Jirijirimo (94).