Está conformado por las cuencas hidrográficas de los ríos Sogamoso, Opón y Suarez. La cuenca Sogamoso contiene al interior del PNN SYA las microcuencas San Guillerma, Paramera, Los Medios, Chucurí y Las Cruces; esta última es abastecedora del acueducto municipal de San Vicente de Chucurí. La cuenca del Opón contiene las microcuencas Aragua, Araya, Verde, Cascajales, Cristalina, Honduras Alto, Honduras y Vergelano, la cual abastece al acueducto municipal del municipio del Carmen y finalmente la cuenca Suarez contiene las microcuencas Chimera, Santa Rosa, Cinco Mil y Chiviriti, abastecedoras actualmente de los municipios de Chima, Galán, Simacota y El Hato, y en un futuro cercano probablemente abastecerán del recurso hídrico a los municipios de Socorro y Barichara.