El Parque registra una altísima presencia de recursos hidrobiológicos, según el SIPEIN se le hacen seguimiento a  186 especies de peces, entre otros: sierra, pargo, corvina, machetazo, barbinche, lisa, gualajo y merlusa. Crustáceos: se reportan  tres (3) especies de camarón: langostino, titi y tigre, pero hay muchas más; langostas, cangrejos, jaibas, maricacos y tasqueros; en moluscos se encuentran entre otras las siguientes especies: piangüa hembra, macho, sangara, calamar, pulpos, almeja, pata de burro y piacuil; todos estas especies aportan a la sostenibilidad de la  pesquería local, regional y nacional.

En cuanto a aves se reportan especies residentes como piura, garza real, garza morena, meniaculito,  playerito, cumilinche, loros, cuaritas y pato cuervo, entre otras y migratorias como las gaviotas, pelicanos, tijereta o fragata, zarapito común, el chorlito piquigrueso y el semipalmeado.

Reptiles, se encuentra la tortuga marina (lepidochelys olivácea), tortuga patiamarilla, iguanas, tulicio, piande, culebras y serpientes.   De los mamíferos que se pueden encontrar en el manglar estan  el  perico (oso perezoso), el oso hormiguero, el zorro, guatín,  el venado, el tatabro, la guagua y el tigrillo.