El área del parque posee una vegetación de bosques húmedos tropicales altos, medios y bosques inundables, donde predominan los Bosque Alto Denso Inundable, Bosque alto denso encharcable, Bosque medio denso encharcable, Bosque medio denso, Bosque alto denso y Arbustos altos densos. En ellos podemos encontrar bosques de arenas blancas que presentan una característica muy particular llamados bosque de varillal, también podemos encontrar especies de árboles maderables de las familias Fabáceae, Moráceae, Meliáceae entre otras y además especies de la familia Aráceae (palmas), como el asai, milpeso, chambira y la zancona, entre otras especies faunísticas del bosque tropical como lianas, bromelias y trepadoras.

Para el área del puré se han calculado por lo menos 1.583 especies de plantas vasculares que pertenecen a 133 familias, entre las cuales las mejor representadas son: Rubiaceae, Annonaceae, Moraceae, Mimosaceae, Fabaceae y Sapotaceae y se reportan cuatro especies nuevas para la ciencia, dos de la familia Maranthaceae, una Bromeliaceae y una Zammiaceae, grupo que posee especies en peligro de extinción. También existen primeros registros para la flora de Colombia, de varias especies conocidas solo en regiones de Perú, Ecuador y Brasil[1].

[1] Plan de manejo reformulado del Parque Nacional Natural Río Puré, 2015. Pág. 19.