Se ha registrado flora para el área del Parque, con reporte de 669 especies botánicas repartidas en 96 familias de dicotiledóneas y 20 de monocotiledóneas. Entre estas se encuentran especies catalogadas a nivel nacional en riesgo de extinción.

Entre las seis asociaciones vegetales que se encuentran en el Área se destaca los cativales (Prioria copaifera). En las estribaciones más bajas sobresalen especies como Ceiba (Ceiba pentandra); en las colinas altas se encuentran asociaciones con palma mil pesos (Ocnocarpus mapara), además de choíba (Dypteris oleifera), sande (Brosimun utile), ceiba tolúa (Ceiba tolua), camaján (Sterculia apetala) y lecheperra (Helicostylis tomentosa). En las llanuras aluviales inundables prosperan el buchón de agua (Eichhornia azurea), lechuga de agua (Pystia stratiotes), el arracacho (Mantrichardia cirborescens), la palma pangana (Raphia taedijera), el chachafruto (Erithina poepigiana) y el guarumo (Cecropia sp.)