Según el sistema de clasificación de Holdridge, el Parque Nacional Natural Los Katíos se encuentra en la zona de vida bosque húmedo tropical (bh-T), caracterizado por temperaturas entre 24 y 25º C y precipitaciones entre 1900 y 3100 mm anuales. Se enmarca en el gran bioma del bosque húmedo tropical el cual, de acuerdo con ciertas características de clima, suelo y vegetación, se subdivide en: Zonobioma húmedo tropical del Pacífico–Atrato, Heliobioma Pacífico-Atrato y Orobioma del Baudó–Darién. En estos biomas se encuentran representados ecosistemas de bosques inundables en llanura aluvial, ciénagas, bosques riparios en llanura aluvial y selva tropical en serranía aislada.