Una de las principales características del Parque Cordillera de los Picachos es su gran riqueza hídrica, la región en la cual se inserta es conocida como el Pato –  Guayabero que identifica los principales ríos de la región, estos ríos tienen una gran importancia cultural y corresponden con los límites naturales del área protegida. Las cuencas principales corresponden al Río Guayabero en el límite oriental con un cubrimiento de 213.749 ha, que equivale al 72,6% del área total, que drena al Orinoco, y la cuenca del río Pato en el límite occidental que cubre una superficie de 80.570 ha que corresponde al 27,4% restante perteneciente a la Amazonía.