El Parque Nacional Natural Corales de Profundidad (PNNCPR) hace parte de la cuenca del Gran Caribe y se encuentra ubicado en el Caribe Colombiano a una distancia aproximada de 12 km del Parque Nacional Natural Corales del Rosario y San Bernardo y a 32 km aproximadamente del punto más cercano en el continente (Península de Barú). El PNNCPR hace parte del sistema costero Archipiélagos Coralinos (ARCO) y del sistema Caribe Oceánico (COC) y se extiende frente a las costas de los departamentos de Bolívar, Sucre y Córdoba, siendo los municipios costeros de estos departamentos su zona de influencia indirecta. El Parque, además, pertenece a la Unidad Ambiental Costera Estuarina del Río Sinú y el Golfo de Morrosquillo, la cual es un mosaico de ecosistemas continentales, costeros, insulares y marinos localizados dentro de la franja intertropical, el cual se caracteriza por una baja influencia de aportes continentales y aguas relativamente transparentes. Adicionalmente, más del 45% del PNNCPR se encuentra inmersa dentro del Área Marina Protegida Archipiélago del Rosario y San Bernardo, favoreciendo procesos biológicos y posibilitando la conectividad ecológica y la conservación de otros sistemas como el Parque Nacional Natural Los Corales del Rosario y de San Bernardo y el Santuario de Fauna y Flora El Corchal “Mono Hernández”.