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Aunque la exploración de las zonas profundas se encuentra todavía muy reciente, las nuevas investigaciones sobre genética y biodiversidad de las especies indican que los corales de profundidad son importantes para el mantenimiento de otros ecosistemas, ya que son catalogados como unos de los sistemas más ricos en especies.

Servicios de apoyo

Servicios de apoyo se refieren a los valores funcionales asociados a la biodiversidad de los corales de profundidad y el papel de éstos como hábitat. Por ejemplo, los jardines de coral parecen actuar como un hábitat para muchas especies, incluyendo peces de valor comercial. Las ramas de los corales actúan también como refugio de aguas profundas. Los invertebrados como estrellas de mar viven directamente sobre las colonias de coral y en los sedimentos, y animales más pequeños se esconden en los esqueletos.

Al ser hábitat de estas especies, protegen a estos organismos de las corrientes y los depredadores, y son refugio y fuente de alimento de individuos juveniles. Los corales son áreas de crianza para especies que son comercialmente importantes. Se  han registrado una relación entre peces con alto valor comercial y la presencia de corales profundos. Esta diversidad tiene por sí un valor intrínseco (Maldonado et al., 2010).

En los arrecifes mesofóticos, ubicados entre los 30 y 150 metros de profundidad, y que comprenden corales zooxantelados (con algas simbiontes) habitan especies que también lo hacen en arrecifes de aguas someras, lo que permite especular con la posibilidad de restaurar la fauna en los arrecifes de aguas someras, dado que los arrecifes mesofóticos pueden ser una fuente potencial de larvas.

Servicios de aprovisionamiento

El valor de esta biodiversidad también está dado por el potencial de obtener productos tales como fármacos, suplementos nutricionales, enzimas, pesticidas, entre otros productos, lo que requiere de una investigación química y biológica de los organismos que habitan estos ecosistemas. Por ejemplo, los corales bambú, están siendo investigados por su potencial como posibles injertos de huesos, y especies de esponjas de profundidad tienen componentes de interés farmacéutico.

Servicios de regulación

El factor que más contribuye al calentamiento global es el dióxido de carbono antropogénico (CO2). La rápida liberación de CO2 representa una amenaza fundamental para los corales de profundidad. La búsqueda cada vez mayor de nuevos recursos de hidrocarburos y el potencial emergente para el almacenamiento de CO2 en las profundidades del mar pueden tener efectos significativos sobre las comunidades de aguas profundas. El secuestro, que es el almacenamiento o la absorción de CO2, de forma natural o por intervención humana, es una prioridad en la agenda internacional de la política climática. Los corales de profundidad pueden secuestrar el CO2, y por lo tanto eliminar el CO2 de la atmósfera. En este sentido, la protección de los corales de profundidad también podría una vía, similar a la reforestación, para aliviar los efectos del cambio climático.

Servicios culturales

Los servicios culturales son los beneficios no materiales que las personas obtienen de los hábitats y los ecosistemas a través de la recreación, el goce estético, la inspiración y admiración. Los corales de profundidad no ofrecen servicios de recreación o turismo, debido a su inaccesibilidad ya que tecnologías especializadas para verlos sólo están disponibles para los científicos. Sin embargo hay un número creciente de libros y documentales sobre los ecosistemas de aguas profundas y hábitats incluidos los corales de profundidad que permiten a la gente ver los apreciarlos. Otro servicio futuro también está dado por la posibilidad de reconstruir condiciones climatológicas del pasado, como la temperatura u otros factores, debido a que éstos forman anillos concéntricos, como los árboles, y al realizar análisis bajo un microscopio electrónico permiten determinar la edad del coral, y registrar cambios en el clima global.