Al interior del Parque no hay en la actualidad asentamientos humanos ni actividades agropecuarias o forestales. Sin embargo, en el área aledaña hay poblaciones humanas que acompañan la gestión de conservación de estos ecosistemas y se tienen evidencias de la presencia de comunidades indígenas anteriores a la colonización española.

• Comunidades prehispánicas: Se han registrado rastros de actividades humanas pasadas en las localidades de Las Mesas, San José de Albán, San Pablo, La Cruz y Tajumbina y los alrededores del Volcán Doña Juana (Camargo 1989). Estos vestigios incluyen artefactos como herramientas líticas, vasijas de cerámica, monolitos en forma de cuerpos humanos y adornos metálicos; también incluyen ecofactos como restos de fauna y plantas. Otros vestigios arqueológicos en la región incluyen monumentos como los petroglifos tallados en la superficie de las rocas, y cementerios donde la gente enterraba a sus muertos.

Varias sociedades humanas ya estaban bien establecidas en la región durante el Holoceno (hace unos 6000 años). Algunas personas han encontrado monolitos y fragmentos dentro de los depósitos piroclásticos de Doña Juana cal ~ 3470 a ~ 2920 años y dentro de un radiocarbono del suelo fechado en ~ 1700-1540 cal años BP, lo que proporciona evidencia de la presencia humana en las laderas occidentales. Los entierros a lo largo del río Tajumbina, al este y noreste, se encontraron principalmente dentro de los PDC del volcán Animas de ~ 5210-4820 cal año BP (Pardo et al. 2019). Los objetos funerarios encontrados en los entierros humanos en el cementerio de Tajumbina (Cadavid y Ordoñez 1992) incluyen vasijas de cerámica, adornos de metal, cuentas de piedra y huesos de animales. Las fechas arqueológicas de radiocarbono indican que este cementerio fue utilizado entre ~ 1256 y 434 cal EC (Cadavid y Ordoñez 1992; Garzón et al. 2007; Gómez 2009).

• Comunidades indígenas: en la zona de influencia del Parque Doña Juana se encuentra el resguardo Inga de San José del Descanse en Santa Rosa (Cauca), entre Santa Rosa y Mocoa se localiza el resguardo Inga de Yunguillo (San Carlos, Tanderido, Osococha y el poblado de Yunguillo) y el resguardo Yanacona de Descanse, que se ubican en las márgenes del rio Caquetá. En el municipio de Bolívar – Cauca, se encuentra un cabildo de indígenas Yanaconas en el corregimiento de San Juan, vereda Belén. Finalmente se encuentra el resguardo Inga de Aponte en los municipios de El Tablón de Gómez y Santa Rosa. Estos resguardos tienen límites con el Parque, por tanto, hay una relación permanente entre los funcionarios y las comunidades indígenas, lo cual se realiza a través de los cabildos, máxima instancia organizativa, especialmente con los gobernadores quienes representan la organización indígena.
• Comunidades campesinas: los pobladores de los municipios de la jurisdicción del Parque descienden de colonos y campesinos que han llegado al territorio desde la época de la colonia en diferentes bonanzas de recursos naturales (maderas, quina, caucho, oro) o de colonización espontánea y dirigida. Las familias campesinas actuales las conforman medianos y pequeños productores agropecuarios, dedicados en su mayoría a la ganadería extensiva tradicional y otros a cultivos comerciales y de consumo local, casi siempre asociados en la Acción Comunal.
• Comunidades de centros urbanos: pobladores de los centros corregimentales más cercanos al área protegida y las poblaciones de las cabeceras municipales de la jurisdicción y de la zona con función amortiguadora. Esta población es de origen rural con dedicación a actividades agropecuarias, aunque con influencia marcada de otros sectores productivos como el de manufactura, comercio y servicios.