El PNN Serranía de Chiribiquete hace parte de la macrocuenca del Amazonas, bañada por ríos de “aguas blancas” provenientes de la cordillera de los Andes y ríos de “aguas negras” que se le atribuye el origen a la llanura del Amazonas. Así mismo, el sistema hídrico del área está conformado por gran una cantidad de quebradas, raudales, deltas, caños y complejos lagunares. Los principales ríos que irrigan el área son: Yari, Camuya, Ajajui, Macaya, Luisa, Cuemani, Cuñare, Mesay, Apaporis y Caquetá.