Las expediciones científicas al área protegida han arrojado información muy valiosa que demuestran la buena salud de los ecosistemas; hasta el  2018 se registraron 4.854 ejemplares representantes de 1.676 especies, 57 nuevos registros de especies de fauna y flora para Colombia, 5 especies endémicas y 32 posibles nuevas especies para la ciencia.

– 28 especies amenazadas (UICN): 1 En Peligro Crítico (CR): Tapirus terrestres; 8 En Peligro (EN), entre ellas: Pteronura brasiliensis y Priodontes maximus, Atractus puntiventris, Cedrela odorata y Paquira quinata, y 3 especies de peces; 11 Vulnerable (VU) entre ellas: Ateles belzebuth, Myrmecophaga tridactyla, Lagothrix lagothricha, Lontra longicaudis, 5 especies de aves, 2 especies de peces; y 8 especies Casi amenazadas (NT): 1 de peces, 7 de aves.

– Además de 8 especies de carnívoros y 7 de primates y más de 382 especies de aves distribuidas en 63 familias, 22 migratorias, la mayoría registradas en los ríos Yarí, Itilla, Tunia y en las sábanas del Yarí, así como 2 nuevas especies: 1 colibrí y 1 atrapamoscas.