Ecosistemas
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El Parque Nacional Natural Serranía de Chiribiquete presenta ecosistemas de excepcional riqueza biológica. La Amazonía Guayanesa en la que se ubica el PNN Serranía de Chiribiquete es uno de los pocos lugares en donde confluyen naturalmente las faunas de cuatro provincias biogeográficas. El área se comporta como un enclave biogeográfico en el que convergen especies de orígenes diferentes.

Los ecosistemas acuáticos

Se consideran estratégicos por el papel fundamental que cumplen en las necesidades de la población local y regional -oferta de agua, alimento, entre otros-, además de su función global de mantenimiento del equilibrio ecológico mediante la regulación hídrica y climática, y la riqueza de fauna, flora y microorganismos. Se consideran la cuenca hidrográfica más diversa del mundo en fauna acuática debido, principalmente, a las características del área de drenaje y la heterogeneidad proporcionada en mayor número de nichos ecológicos, razón por la que los recursos hidrobiológicos sustentan casi un 50% de la economía de la región, siendo la cuenca del rio Caquetá, con el 38% del área total de los sistemas fluviales de la cuenca del Amazonas en Colombia, la principal fuente de agua y recursos hídricos e hidrobiológicos de la porción colombiana de la cuenca amazónica. (García H., 2007)

Humedales

Representados en las llanuras aluviales, madreviejas, ciénagas de mediano y pequeño tamaño, y los bosques inundables de las cuencas de los ríos Apaporis, Caguán, Caquetá, Putumayo y el propio Amazonas, están aún sin inventariar. Sin embargo, de acuerdo con las dinámicas regionales, los humedales del Vaupés y Apaporis son los menos afectados y con mayor potencial de conservación; los del Caguán, Caquetá y Putumayo, debido a la alteración de las condiciones de sus cuencas de captación, deforestación y uso intensivo de los recursos hidrobiológicos, presentan el mayor deterioro.

Suelos

Los suelosde la región se encuentran asociados a llanuras aluviales de los ríos andinos, llanuras aluviales de los ríos amazónicos, valles menores con influencia coluvial, terrazas antiguas de ríos andinos y amazónicos, planicies amazónicas de origen  sedimentario y estructuras rocosas de origen sedimentario. Es característica la fragilidad de los suelos amazónicos, ya que son químicamente muy pobres y físicamente muy susceptibles al deterioro; la capa orgánica es una capa delgada de hojarasca y residuos vegetales en distinto grado de descomposición, pero que se constituye en la fuente y reserva más importante de nutrientes para las plantas, y actúa a la vez como capa amortiguadora o protectora del suelo ante agentes o procesos erosivos. Tienen fertilidad baja a muy baja y un bajo potencial de retención, especialmente en lo referente al calcio, al potasio y al fósforo, aspecto relevante ante procesos de deforestación, ya que al ser eliminado el bosque, los nutrientes se incorporan al suelo y son rápidamente lavados.

Investigaciones­ arqueológicas recientes indican la presencia de suelos antrópicos profundos y ricos en materia orgánica (Navarro C., 2013), y signos de antiguos asentamientos en estos lugares estratégicos (Franco R., 2012); la característica esencial de estos suelos además de su color negro o pardo, “terras pretas”, es su alto contenido de fósforo y fosfato soluble, “el cual no existe en los suelos de la región” (Franco R., 2012 p. 20).