Ecosistemas
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Los ecosistemas acuáticos se consideran estratégicos por el papel fundamental que cumplen en las necesidades de la población local y regional -oferta de agua, alimento, entre otros-, además de su función global de mantenimiento del equilibrio ecológico mediante la regulación hídrica y climática, y la riqueza de fauna, flora y microorganismos. Se consideran la cuenca hidrográfica más diversa del mundo en fauna acuática debido, principalmente, a las características del área de drenaje y la heterogeneidad proporcionada en mayor número de nichos ecológicos, razón por la que los recursos hidrobiológicos sustentan casi un 50% de la economía de la región, siendo la cuenca del rio Caquetá, con el 38% del área total de los sistemas fluviales de la cuenca del Amazonas en Colombia, la principal fuente de agua y recursos hídricos e hidrobiológicos de la porción colombiana de la cuenca amazónica. (García H., 2007)

Humedales, representados en las llanuras aluviales, madreviejas, ciénagas de mediano y pequeño tamaño, y los bosques inundables de las cuencas de los ríos Apaporis, Caguán, Caquetá, Putumayo y el propio Amazonas, están aún sin inventariar. Sin embargo, de acuerdo con las dinámicas regionales, los humedales del Vaupés y Apaporis son los menos afectados y con mayor potencial de conservación; los del Caguán, Caquetá y Putumayo, debido a la alteración de las condiciones de sus cuencas de captación, deforestación y uso intensivo de los recursos hidrobiológicos, presentan el mayor deterioro.

 

Suelos

Los suelosde la región se encuentran asociados a llanuras aluviales de los ríos andinos, llanuras aluviales de los ríos amazónicos, valles menores con influencia coluvial, terrazas antiguas de ríos andinos y amazónicos, planicies amazónicas de origen  sedimentario y estructuras rocosas de origen sedimentario. Es característica la fragilidad de los suelos amazónicos, ya que son químicamente muy pobres y físicamente muy susceptibles al deterioro; la capa orgánica es una capa delgada de hojarasca y residuos vegetales en distinto grado de descomposición, pero que se constituye en la fuente y reserva más importante de nutrientes para las plantas, y actúa a la vez como capa amortiguadora o protectora del suelo ante agentes o procesos erosivos. Tienen fertilidad baja a muy baja y un bajo potencial de retención, especialmente en lo referente al calcio, al potasio y al fósforo, aspecto relevante ante procesos de deforestación, ya que al ser eliminado el bosque, los nutrientes se incorporan al suelo y son rápidamente lavados.

Investigaciones­ arqueológicas recientes indican la presencia de suelos antrópicos profundos y ricos en materia orgánica (Navarro C., 2013), y signos de antiguos asentamientos en estos lugares estratégicos (Franco R., 2012); la característica esencial de estos suelos además de su color negro o pardo, “terras pretas”, es su alto contenido de fósforo y fosfato soluble, “el cual no existe en los suelos de la región” (Franco R., 2012 p. 20).