Ecosistemas
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El Parque Nacional Natural Serranía de Chiribiquete presenta ecosistemas de excepcional riqueza biológica. La Amazonía Guayanesa en la que se ubica el PNN Serranía de Chiribiquete es uno de los pocos lugares en donde confluyen naturalmente las faunas de cuatro provincias biogeográficas. El área se comporta como un enclave biogeográfico en el que convergen especies de orígenes diferentes.

Los ecosistemas acuáticos

Se consideran estratégicos por el papel fundamental que cumplen en las necesidades de la población local y regional -oferta de agua, alimento, entre otros-, además de su función global de mantenimiento del equilibrio ecológico mediante la regulación hídrica y climática, y la riqueza de fauna, flora y microorganismos. Se consideran la cuenca hidrográfica más diversa del mundo en fauna acuática debido, principalmente, a las características del área de drenaje y la heterogeneidad proporcionada en mayor número de nichos ecológicos, razón por la que los recursos hidrobiológicos sustentan casi un 50% de la economía de la región, siendo la cuenca del rio Caquetá, con el 38% del área total de los sistemas fluviales de la cuenca del Amazonas en Colombia, la principal fuente de agua y recursos hídricos e hidrobiológicos de la porción colombiana de la cuenca amazónica. (García H., 2007)

Humedales

Representados en las llanuras aluviales, madreviejas, ciénagas de mediano y pequeño tamaño, y los bosques inundables de las cuencas de los ríos Apaporis, Caguán, Caquetá, Putumayo y el propio Amazonas, están aún sin inventariar. Sin embargo, de acuerdo con las dinámicas regionales, los humedales del Vaupés y Apaporis son los menos afectados y con mayor potencial de conservación; los del Caguán, Caquetá y Putumayo, debido a la alteración de las condiciones de sus cuencas de captación, deforestación y uso intensivo de los recursos hidrobiológicos, presentan el mayor deterioro.

Suelos

La Serranía de Chiribiquete posee suelos sedimentarios que están relacionados con los ríos que lo atraviesan. Los suelos del área se distinguen por su baja fertilidad, son suelos químicamente pobres y débiles por su constitución física. Los tepuyes hacen parte de los atributos más destacados del área, estas son mesetas que emergen con gran altura entre los valles menores y las planicies. Siendo las formaciones rocosas más antiguas originadas en el precámbrico. Geológicamente, el Parque Nacional de Chiribiquete constituye un bien natural tropical, en que se combina una historia geológica única en el país y en el mundo con una variedad de geoformas exóticas que conforman un paisaje rocoso que emerge abruptamente entre extensas penillanuras, sabanas y selvas de la Amazonía colombiana. El basamento precámbrico del Escudo Guayanés en Suramérica, aflora en su parte oriental y se profundiza hacia el oeste antes de fragmentarse bajo la cordillera de los Andes en múltiples macizos y serranías.