Hidrografía
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Los principales ríos del parque son el río Caquetá, el río Cahuinarí y el río Bernardo. El Río Caquetá marca el límite del área protegida sobre una longitud de 300 KM aproximadamente, tiene su nacimiento en la cordillera andina y alcanza un ancho hasta de 2.000 m en esta zona. Por su parte, el Río Cahuinarí es el afluente austral principal del río Caquetá, nace en las formaciones geológicas del Paleozoico y fluye durante la mayor parte de su curso sobre la planicie del Terciario Inferior Amazónico. El Cahuinarí genera un enorme complejo de lagos importantes para la reproducción y alimentación de muchas especies entre ellas la tortuga charapa. Así mismo, se presentan números afluentes menores que nacen, ya sea, en zonas planas y bajas de la planicie selvática o en zonas rocosas.

El comportamiento de los ríos se ciñe a un patrón general que presenta niveles mínimos entre Enero y Febrero y máximos entre Julio y Agosto. No obstante, el río Caquetá puede presentar crecientes en Noviembre, debidas al régimen climático que gobierna sus cabeceras y que localmente se denominan lavaplayas.