La península de la Guajira ha sido habitada durante siglos por indígenas Wayuu, quienes consideran Bahía Portete como parte de su territorio ancestral. Por esta razón, la comunidad indígena Wayuu lideró y contribuyo con el proceso de declaratoria del Parque, por la alta correspondencia que tiene la Bahía con su dinámica cultural y por la importancia de mantener, y en algunos casos recuperar, el manejo ancestral que ha permitido la conservación de la Bahía. Durante el proceso de declaratoria del Parque también se contó con una etapa de consulta previa para cada una de las comunidades Wayuu de la zona. Estas comunidades pertenecen al resguardo de la Media y Alta Guajira, con quienes se consolidaron espacios de acuerdo frente al manejo y planeación del área protegida para la protección de los ecosistemas marinos.