En el PNN Alto Fragua Indi Wasi se identifican tres (3)  ecosistemas principales, bosque andino en montaña fluvio erosional con una extensión aproximada de 7.862,08 hectáreas, que corresponden al 10,5% del área total del parque. Bosque subandino en montaña fluvio erosional que corresponde al ecosistema predominante en el parque y cuenta con una extensión aproximada de 50.548,3 hectáreas, que corresponden al 68 % del área total. Y el bosque basal en montaña fluvio erosional con una extensión aproximada de 14.640,48 hectáreas que corresponden al 19,6 % del área total del parque el cual presenta el valor más alto de área natural transformada (1.432,02 hectáreas de las 1.921,11 hectáreas transformadas en el Parque). Estos tres ecosistemas abarcan aproximadamente el 98% de la extensión total del área protegida.