Fauna
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Fauna Terrestre:
Al poseer Malpelo un alto grado de aislamiento, resultan interesantes procesos de contribución al conocimiento; en lo que respecta a los invertebrados, se cuenta con las investigaciones desarrolladas por Henk Wolda durante la expedición del Smithsonian lnstitution en 1972, con el registro de 35 especies; el Instituto de Investigaciones colombiano Alexander Von Humboldt colectó material correspondiente a anélidos y artrópodos. En este último grupo se distinguieron 5 clases, 13 órdenes y unas 25 familias, con alrededor de 40 especies.A pesar de que la fauna de invertebrados de la Isla es poco abundante, las escasas especies sirven como sustento alimenticio para los reptiles endémicos (Instituto Humboldt, 1999).

En el SFF Malpelo se han identificado algunas especies de hormigas como la Odontomachusbauri, la cual posee una distribución muy amplia en la Región Neotropical, y que al parecer fue introducida en la Isla por el hombre, como sucedió en las Islas Galápagos. No obstante, las obreras de esta especie en Malpelo, poseen patrones de coloración diferentes a los de las poblaciones continentales. Aparentemente, no existen endemismos desde el punto de vista de hormigas, aunque hay que esperar la definición del estatus taxonómico de las Solenopsis y Pheidole. De la fauna de coleópteros (escarabajos) sobresale una especie de Platynus (Carabidae: Harpalinae: Platynini), ya que ni la familia ni el género habían sido registrados antes para Malpelo. Se confirmó que se trata de una nueva especie de carábido, con una morfología externa bastante inusual para el género y muy diferente a las poblaciones continentales de Colombia y Ecuador, lo que sugiere que no se trata de una introducción accidental, sino de un endemismo.

Entre los crustáceos decápodos se conoce el cangrejo terrestre Gecarcinus malpilensis, especie omnívora, endémica de Malpelo, y estrechamente ligada a la especie que se encuentra en la isla de Clipperton, Gecarcinus panamensis.

Los tres reptiles terrestres de la isla dependen principalmente de los desperdicios y restos de comida aportados por las aves, especialmente los piqueros enmascarados. Las poblaciones de reptiles que habitan la isla presentan densidades altas, en especial las de Anolis agassizi, que pertenece a la familia de las iguanas. Este lagarto endémico es de color verdoso, se alimenta de insectos (moscas, hormigas, grillos y escarabajos) y de cangrejos juveniles de la especie Gecarcinus malpilensis. Presenta un marcado dimorfismo sexual; el macho posee una cresta negra y tiene un comportamiento territorial. (Álvarez et. al., 1999).

El lagarto punteado, Diploglossus millepunctatus, también es endémico de la Isla. Llega a medir 27 cm de largo y se alimenta de los restos regurgitados por los piqueros para las crías, esta especie reconoce el sonido de los polluelos de piqueros cuando van a ser alimentados, y se ubica alerta en grietas cerca de los nidos. También es capaz de romper los huevos y alimentarse de ellos, o de los polluelos muertos.

Otra especie de reptil endémico de Malpelo es PhylIodactus traversalis o lagarto geko, el cual es de hábitos nocturnos y durante el día se refugia en grietas, se alimenta de insectos y puede medir alrededor de 15 cm de largo. (Álvarez, et. al., 1999.)

En la isla existe una gran densidad de aves marinas compuesta principalmente por una población de piquero enmascarado, Sula granti .En Colombia, anida exclusivamente en Malpelo y su población se considera como la más grande en el mundo, albergando entre un tercio y un cuarto del total de la población reproductiva de esta especie en el nivel mundial.

Fauna marina:

La isla de Malpelo actúa como sitio de agregación de especies de peces pelágicos, mamíferos y tortugas marinas. Algunas especies migratorias, como es el caso de los atunes, vienen a alimentarse alrededor de la Isla durante su pasaje. Los inmensos “Fish Balls” (bolas de peces) que se forman esporádicamente alrededor de Malpelo, demuestran la actividad intensa de depredación por una gran cantidad de especies.

Cantidades importantes de bravos Seriola rivoliana, y las macarelas Elagatis bipinnulata están permanentemente presentes; estas dos especies son consideradas como unos de los más temibles depredadores de juveniles de otras especies. Los jureles azules Caranx melampygus, los jureles negros Caranx lugubris y los bonitos Sarda orientalis también se encuentran en grandes grupos cazando alrededor de la Isla.

Varias especies de tiburones, como por ejemplo los tiburones martillo Sphyrna lewini y los tiburones de Galápagos, Carcharhinus galapagensis, se agrupan durante el día alrededor de la Isla, no solo para alimentarse, sino también para desparasitarse. Se han encontrado algunas zonas utilizadas como estaciones de limpieza, realizadas principalmente por los peces mariposa Jhonrandallia nigrirostris y los peces ángel Holacanthus passer

Grandes concentraciones de más de 1000 individuos de tiburones sedosos Carcharhinus falciformis se pueden observar ocasionalmente, por razones aún desconocidas a pasar algunos días e incluso meses alrededor de la Isla. Algunas hipótesis pueden ser planteadas al respecto y tienen que ver con las largas migraciones de estos tiburones por los océanos, encontrando en Malpelo un lugar apto para alimentarse y cumplir otros aspectos de sus ciclos de vida. Sin embargo, teniendo en cuenta la poca regularidad de los avistamientos de estas grandes concentraciones en el tiempo, es difícil determinar hoy en día la verdadera razón de estas. Efectivamente, durante los años de 1990 y 1991 se observaron por primera vez grandes grupos de esta especie en los alrededores de la Isla. Luego, no fue sino hasta el año de 1998 y hasta el 2001 que se volvieron a reportar estas concentraciones. Algunos grupos pequeños (de no más de 20 individuos) han sido observados cuando se presenta un “fish ball”.

En 1999 se reportó por primera vez, a través de fotografías y videos, una especie de tiburón de profundidad. Luego de realizar los estudios de genética molecular sobre un pedazo de piel de uno de estos individuos, se determinó la especie, Odontaspis ferox (Risso, 1810).

Los tiburones ballenas Rhincodon typus y las mantas diablo Manta birostris, también están presentes en el área aprovechando la gran cantidad de larvas. Así mismo, mamíferos marinos son frecuentemente avistados en el Santuario y al parecer la biomasa presente es suficiente para que una colonia de aproximadamente 20 individuos de grandes delfines Tursiops truncatus ,se hayan sedentarizado.