Fauna
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Entre las especies de mamíferos se destacan el mono colorado (Alouata seniculus), mico cabeciblanco (Saguinus oedipus), venado (Mazama americana), zaíno (Tayassu tajacu), ñeque (Dasyprocta punctata), tigrillo (Leopardus pardalis), martica (Potos flavus), y es hábitat transitorio del jaguar (Pantera onca). Entre las aves están las guacamayas (Ara macao), pava congona (Penélope purpurascens), paujil de pico azul (Crax alberti), cacao (Ibycter americanus) y tucán (Ramphastus sulfuratus). El Santuario es, además, un punto estratégico para las aves migratorias del norte y sur del continente y banco genético para el estudio de la biodiversidad nacional.