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La zona fue habitada por grupos indígenas que formaban parte de la etnia malibú mokaná o malibú serraneros. En la zona de influencia del Santuario se han encontrado vestigios arqueológicos como ocarinas y petroglifos, y también las muy conocidas piedras “centellas”, teniendo así el visitante la oportunidad de conocer lugares de gran importancia cultural como sitios ceremoniales de estos grupos indígenas. Los habitantes de la región han establecido una importante relación con el cerro Los Colorados, impregnado de creencias y prácticas culturales evidentes, por ejemplo, en el tratamiento que se da a las plantas medicinales.