Flora
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El Santuario está ubicado en una franja transicional entre el bosque seco tropical y muy seco tropical desarrollándose en un área donde se presenta un período prolongado de sequía en el cual la mayoría de plantas pierde su follaje. Durante la temporada de lluvias el bosque adquiere nuevamente su follaje y su exuberancia. Alrededor de los estuarios, el visitante encontrará una vegetación diversa compuesta principalmente por varias especies de mangle (Avicennia germinans, Conocarpus erectus, Laguncularia racemosa y Rhizophora mangle) que juegan un papel relevante al servir de área nodriza y refugio a diferentes especies.