Flora
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En el Santuario se han identificado ecosistemas de bosque andino, bosque altoandino, páramo, subpáramo, robledales, pastizales y arbustos de suelos rocosos, además de la prsencia de vegetación seca y un buen número de humedales. En cuanto a la flora, destacan los roblesy los laureles. También existen bosques de cedrillo e individuos dispersos de dos especies de pinos colombianos.